La calidad del agua es el "sustento" de la acuicultura, ya que determina directamente la tasa de supervivencia, la tasa de crecimiento y los beneficios de la cría de peces y camarones. Entre los indicadores clave de la calidad del agua, el nitrógeno amoniacal, el nitrógeno nitrito, el oxígeno disuelto y las cianobacterias son los más propensos a presentar anomalías y los que suponen un mayor riesgo para la acuicultura.